Če imamo v računalniku določene mape, v katere shranjujemo relevantne dokumente in/ali datoteke z bibliografskimi zapisi, imamo možnost, da Mendeley spremlja vsebino teh map in samodejno dodaja novo dodane dokumente tudi v našo knjižnico referenc. V nastavitvah File -> Watch Folder izberemo mape (jih obkljukamo), Mendeley pa bo v prihodnje spremljal njihovo vsebino in po potrebi posodabljal našo knjižnico referenc.
