Za namestitev orodja obiščemo spletno stran Download Mendeley Desktop ter prenesemo najnovejšo verzijo programa za svoj operacijski sistem.
Po končanem prenosu dvokliknemo na namestitveno datoteko ter sledimo navodilom za namestitev na zaslonu.
Po uspešni namestitvi odpremo Mendeley Desktop in se vpišemo (Sign in) z elektronskim naslovom in geslom, ki smo ju izbrali pri registraciji. V kolikor še nismo registrirani, lahko to storimo zdaj s klikom na Register.
Če želimo, lahko s pomočjo uvodnega čarovnika uvozimo že obstoječo bazo referenc, ki smo jo izvozili iz EndNote v formatu XML.
Uvozimo lahko tudi dokumente PDF (posamezne ali združene v mape). To izvedemo tako, da izbrane datoteke preprosto povlečemo in spustimo v okno, ali pa ročno izberemo njihovo lokacijo s klikom na Browse). Mendeley bo na podlagi metapodatkov dokumentov PDF sam izdelal seznam referenc in jih dodal v našo knjižnico.
V uvodnem delu lahko tudi v bazi Mendeley poiščemo svoje objavljeno delo in ga tako povežemo s svojim računom ali dodamo članke, ki nam jih Mendeley priporoča v branje glede na naše karakteristike in izpolnjen profil.