Če imamo na računalniku že shranjene dokumente, ki bi jih želeli dodati v knjižnico referenc, jih lahko dodamo enostavno tako, da datoteko oz. mapo z datotekami enostavno povlečemo v knjižnico.
Drugi možni načini vnosa so:
uvoz dokumentov PDF oz. map z dokumenti PDF (Mendeley poskrbi za samodejno ekstrakcijo metapodatkov),
uvoz referenc v formatih BibTeX, EndNote XML in RIS,
ročni vnos referenc / vnos s pomočjo identifikatorjev, npr. DOI,
nastavitev spremljanja določenih map v računalniku, ki jih Mendeley sproti preverja in v knjižnico samodejno doda nove reference,
samodejni vnos preko dodatka v spletnem brskalniku
samodejni vnos preko hiperpovezave v nekaterih podatkovnih bazah, npr. Emerald
Video predstavitev uvažanja dokumentov v knjižnico referenc Mendeley: