Orodje omogoča različne načine vnosa referenc:
- ročni vnos referenc,
- avtomatski vnos s pomočjo razširitev oz. dodatkov brskalnikov (Zotero connector),
- vnos referenc s pomočjo uvoznih filtrov,
- uvoz reference s pomočjo identifikatorjev DOI, ISBN, PMID ali arXiv ID,
- pridobitev metapodatkov iz PDF datotek,...
