Najprej je potrebna registracija v spletni različici orodja in vpis poverilnice računa v orodje EndNote X9.
Nato odpremo orodje EndNote X9, izberemo zavihek "edit" in iz spustnega seznama izberemo "preferences".
V novem oknu izberemo razdelek "sync", vpišemo podatke za prijavo v EndNote Basic in kliknemo gumb "V redu".
Sinhronizacijo zaženemo s klikom na ikono "Sync".