Najprej je potrebna registracija v spletni različici orodja in vpis poverilnice računa v orodje EndNote 21.
V orodju EndNote 21 se izbere zavihek "edit" in nato iz spustnega seznama še "preferences".
V novem oknu izberemo razdelek "sync", vpišemo podatke za prijavo in kliknemo gumb "V redu".
Sinhronizacijo zaženemo s klikom na gumb "Sync now".